菖蒲从古至今一直是中药，而且是一味活跃在诗里画里的上品中药。历来受医家、道家、文人墨客推崇，并被神化，誉为“水草之精英，神仙之良药”。作为药用的主要是石菖蒲的干燥根茎部分。

石菖蒲根茎呈扁圆柱形，稍弯曲，长3至20厘米。直径0.3至1厘米。表面棕褐色、棕红色。粗糙，多环节，节间长2至8毫米。叶痕呈三角形，左右交互排列，根痕圆点状。质硬，断面纤维性，类白色或微红色，内皮层环明显，可见多数缩管束小点及油细胞，气芳香，味苦，微辛。以条粗，断面类白色、香气浓者为佳。

菖蒲功效主治的记载最早见于东汉时期的《神农本草经》。全书载药种，按药物功效的不同分为上、中、下三品。菖蒲列为上品，谓：“味辛，温。主治风寒湿痹，咳逆上气，开心孔，补五脏，通九窍，明耳目，出音声。”其朴实地记录了菖蒲的主要功用。

汉末《名医别录》谓其有“聪耳明目、益心智”之功，故善治迷惑健忘、耳鸣失聪等症。如明代《证治准绳》不忘散，即以石菖蒲，配远志、人参、茯神、茯苓，专治迷惑善忘，有开窍益智、宁心安神、促进记忆的作用，可用于治疗记忆力减退、反应迟钝、认知功能障碍等。

其后梁代陶弘景在《名医别录》补充“主耳聋，痈疮，温肠胃，止小便利，四肢湿痹，不得屈伸”，又治“小儿温疟，身积热不解，可作浴汤。聪耳目，益心智”。

唐代甄权所著《药性论》增入“治风湿顽痹，耳鸣，头风，泪下，杀诸虫，治恶疮疥瘙。”对皮肤湿疮、疥癣等疾，皆可应用。五代时期的《日华子本草》认为“除风下气，除烦闷，止心腹痛，霍乱转筋。治客风疮疥，涩小便，杀腹藏虫及蚤虱。耳痛：作末、炒，承热裹窨，甚验。”。王好古则日其可“治心积伏梁”。

唐代孙思邈所著《千金要方》开心散、定志小丸，以菖蒲配他药，主治健忘、化湿和胃。因为石菖蒲辛苦气香，入胃经则能宣化湿浊、开胃消食，乃化湿和胃良药。

医院编《圣济总录》菖蒲散，以菖蒲配乌头等，治疗风寒湿痹、去湿止痒。因石菖蒲辛苦而温，辛温能化湿；苦燥可杀虫，故外用涂敷，有去湿疗疮、杀虫止痒之功。

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明代《滇南本草》添入“治九种胃气，止疼痛”之后，《本草纲目》在以上基础上谓之“气温味辛，乃手少阴、足厥阴经药。心气不足者用之，虚则补其母也。肝苦急以辛补之，是类。治中恶卒死，客杵癫痫，下血崩中，安胎漏，散痈肿。捣汁服，解巴豆、大戟毒”。

明代《本草蒙筌》：菖蒲味辛、苦，气温。无毒。主手足湿痹，可使屈伸；贴发背痈疽，能消肿毒。下气除烦闷，杀虫愈疥疮。消目翳，去头风。开心洞达出音声，益智慧通窍虚灵。劫耳聋耳鸣，禁尿遗尿数。腹痛或走者易效，胎动欲产者即安。鬼击懵死难苏，急灌生汁；温疟积热不解，宜浴浓汤。单味入酒煎，疗血海败，并产后不血不止；细末铺席卧，治遍身毒，及不痒发痛疮疡。

清代《本草备要》还认为菖蒲“宣通窍，补心。辛苦而温，芳香而散。补肝益心，开心孔，利九窍，明耳目，发音声。去湿逐风，除痰消积，开胃宽中。疗噤口毒痢）”《本草再新》说能“止鼻血，散牙痛”。至此历代本草逐渐总结出菖蒲具有去湿、开窍、豁痰、理气、活血、散风等诸功效。

清《本草崇原》：太阳之气，生于水中，上与肺金相合而主表，与君火相合而主神。菖蒲生于水石之中，气味辛温，乃禀太阳寒水之气，而上合于心肺之药也。主治风寒湿痹，咳逆上气者，太阳之气，上与肺气相合而出于肌表也。开心孔者，太阳之气，上与心气相合而运其神机也。五脏在内，九窍在外，肝开窍于二目，心开窍于二耳，肺开窍于二鼻，脾开窍于口，肾开窍于前后二阴。菖蒲禀寒水之精，能濡五脏之窍，故内补五脏，外通九窍，明耳目，出音声，是通耳目口鼻之上窍也。又曰主耳聋、痈疮者，言耳不能听而为耳痈、耳疮之症。菖蒲并能治之。温肠胃，止小便利，是通前后二阴之下窍也。菖蒲气味辛温，性唯上行，故温肠胃而止小便之过利。

现代临床应用，如广州部队《常用中草药手册》能“治风湿性关节炎，腰腿痛，消化不良，胃炎，热病神昏，精神病”。《广西中草药》治“癫狂，惊痫，痰厥昏迷，胸腹胀闷或疼痛”。《江西草药》治跌打损伤：石菖蒲鲜根适量，甜酒糟少许，捣烂外敷。石菖蒲在治疗老年痴呆病也有满意疗效的报道。故现代对该药功效的认识更为深入，应用更为广泛。

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